根据法律规定，农民专业合作社是由同类农产品的生产者、经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、使用者在农户承包经营的基础上组织起来的互助性经济组织。
农民专业合作社的税收优惠政策可以分为两类。第一类是直接支持农民专业合作社的税收优惠政策，第二类是针对农民专业合作社发展相关行业出台的间接税收支持政策。
一，直接支持农民合作社的主要税收优惠政策
(1)增值税有四项优惠政策。
1、农民专业合作社对外销售其成员生产的农产品，免征增值税。(《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)。
农产品包括各种植物、动物以及种植业、养殖业、林业、畜牧业和水产业生产的初级产品。如粮食、中药材、蔬菜、烟叶、茶叶等农副产品和肉、蛋、禽、奶、兽皮等畜牧产品。注:本合作社生产的农产品销售收入不包括粮食销售收入。
2、农民专业合作社向合作社成员销售农膜、种子、种苗、农药、农机的收入，免征增值税。(《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税[2008]81号)
3、农民专业合作社提供的农业机械化、排灌、病虫害防治、家禽、家畜、水产动物等经营收入，免征增值税。(财政部《国家税务总局关于全面推进营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)，附件3营业税改征增值税过渡政策规定)
4.包括农民专业合作社在内的其他市场主体生产免税饲料产品的收入，免征增值税。(财政部《中华人民共和国国家税务总局关于饲料产品免征增值税的通知》[2001]第121号)饲料的范围包括单一散装饲料、混合饲料、配合饲料、复合预混料、浓缩饲料。
上述项目在享受免征增值税优惠待遇的同时，免征城市维护建设税和教育费附加。
(二)企业所得税优惠政策主要有两种。
1.符合小型微利企业条件的农民专业合作社，减按20%的税率征收企业所得税，实际按10%计算。相比其他企业25%的企业所得税税率，优惠力度还是很大的。(关于进一步扩大小型微利企业所得税优惠政策范围的通知财税〔2018〕77号)条件包括，对年应纳税所得额低于100万元(含100万元)的小型微利企业，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。
2、农民专业合作社从事农、林、牧、渔业项目，可免征或减征企业所得税。除种植花卉、茶叶、饮料作物等项目外，其他项目均免征企业所得税。(中华人民共和国主席令第63号第二十七条《中华人民共和国企业所得税法》规定:“企业的下列所得，可以免征、减征:农、林、牧、渔业项目所得。”)
(3)印花税的一大优惠政策。
农民专业合作社及其成员签订的农产品购销合同和化肥等农业生产资料购销合同，免征印花税。(《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税[2008]81号)
二。间接支持农民合作社的税收优惠政策
主要包括支持农民专业合作社扩大生产经营活动、鼓励金融机构支持农民专业合作社发展、支持农村经济转型、促进农民专业合作社改制等税收优惠政策，涉及增值税、企业所得税、土地使用税等税种。需要注意的是，这些间接税扶持政策会对农民专业合作社的经营策略产生很大影响，如融资、农产品定价、合作社重组等。了解并利用好这些税收政策，一方面可以降低经营成本，促进农民专业合作社更好地发展；另一方面可以准确理解和把握国家政策导向，开阔视野，促进合作社更健康的发展。
(1)支持农民专业合作社扩大生产经营活动的税收优惠政策主要有一项:
对增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农产品，可按照12%或10%的抵扣率抵扣增值税进项税额。(《财政部国家税务总局关于调整增值税税率的通知》(财税〔2018〕32号)规定:“二。纳税人购进农产品，原扣除率为11%的，扣除率调整为10%。)
(二)有五项税收优惠政策鼓励金融机构支持农民专业合作社，降低融资成本:
1.自2017年1月1日至2019年12月31日，对金融机构农户小额贷款利息收入免征增值税。
2.自2017年12月1日至2019年12月31日，金融机构对农户发放的单笔贷款总额在10万元以下的利息收入，在计算应纳税所得额时，按照90%计入总收入。
3.金融企业农业贷款和中小企业贷款提取的损失准备金，符合规定比例的，允许在计算应纳税所得额时扣除。
4.自2018年9月1日至2020年12月31日，对金融机构向小企业、微型企业和个体工商户发放小额贷款取得的利息收入，免征增值税。
5.2017年1月1日至2019年12月31日，保险公司为种植业、养殖业提供保险服务取得的保费收入，在计算应纳税所得额时，按照90%计入总收入。
(3)支持农村经济转型、促进农民专业合作社改制的税收优惠政策主要有两项:
1、股份合作制改革后的农村集体经济组织承担原集体经济组织的土地和房屋所有权，免征契税。
2.农村集体经济组织和作为集体经济组织的村民委员会、村民小组在进行清产核资时，收回集体资产，承担土地和房屋的权属。所以签订的产权转让文件免征契税和印花税。
备注:农民专业合作社成员中，农民至少应占成员总数的80%。而且利润分配规则是按照成员与合伙企业之间的交易额(金额)比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的60%。这两点和企业很不一样。
《农民专业合作社法》第五十二条规定:“农民专业合作社享有国家规定的农业生产、加工、流通、服务以及其他农业经济活动的相应税收优惠。支持农民专业合作社发展的其他税收优惠政策由国务院规定。”鉴于我国农业税收优惠政策分散在不同的法律和政策文件中，为便于农民专业合作社全面掌握相关内容，现将相关优惠政策按税种汇总如下:
一.增值税
增值税是对销售货物或者提供加工修理修配劳务以及进口货物的单位和个人实现的增值征收的一种税，也是我国第一大税种。根据增值税暂行条例，一般纳税人增值税税率为17%和13%，小规模纳税人为3%。自2019年4月起，一般纳税人增值税税率为13%，农产品一般用途增值税税率为9%。
农民专业合作社作为从事销售商品(包括农产品和农资)的单位，依法缴纳增值税，但可以享受税收优惠。根据《增值税暂行条例》、《中华人民共和国财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税[2008]81号)、《中华人民共和国国家税务总局关于免征餐品增值税的通知》(国税函[2010]75号)、《中华人民共和国财政部国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税的通知》(财税[2011
(一)销售本合作社成员生产的农产品，视同农业生产者销售自产农产品，免征增值税。(财税[2008]81号)
(二)销售给本合作社成员的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农业机械，免征增值税。(财税[2008]81号)
(三)销售饲料，可以享受13%的优惠税率(《增值税暂行条例》第二条)。除豆粕以外的其他粕类饲料产品免征增值税。(国税函〔2010〕75号)
(4)批发或零售的蔬菜免征增值税。蔬菜品种见《主要蔬菜品种目录》。经过挑选、清洗、切割、烘干、包装、脱水、冷藏、冷冻等工序加工的蔬菜属于免税蔬菜的范围。(财税[2011]137号)
此外，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农产品，可按13%的抵扣率抵扣增值税进项税额。(财税[2008]81号)
二。企业所得税
企业所得税是在我国对企业和其他有收入的组织(个人独资企业和合伙企业除外)征收的一种税。根据企业所得税法规定，企业所得税税率为25%，符合条件的小型微利企业税率为20%，国家支持的高新技术企业税率为15%。
根据《财政部关于NPC代表有关建议的批复》(财农编〔2009〕20L号)，农民专业合作社参照企业所得税法关于一般企业的规定，享受企业所得税减免政策。据此，根据《企业所得税法实施条例》规定，农民专业合作社享受的企业所得税优惠政策包括:
从事蔬菜、谷物、土豆、油籽、豆类、棉花、大麻、糖、水果和坚果的种植；培育新的作物品种；中草药种植；树木的栽培和种植；饲养家畜和家禽；收集森林产品；灌溉、农产品初加工、兽药、农业技术推广、农业机械操作维修等农、林、牧、渔业服务项目可免征企业所得税。(《企业所得税法实施条例》第八十六条)
(二)从事花卉、茶叶等饮料作物和香料作物的种植；海水养殖业和内陆养殖业减半征收企业所得税。(《企业所得税法实施条例》第八十六条)
四。契税
契税是对所有权发生变化的房地产征收的一种税。根据《契税暂行条例》规定，契税税率为3%至5%，具体适用税率由省级人民政府在法定幅度内，根据本地区实际情况确定。
根据《契税暂行条例细则》(财发字〔1997〕52号)第十五条规定，承包农、林、牧、渔业生产的荒山、荒沟、荒丘、荒滩的土地使用权，免征契税。
动词 （verb的缩写）印花税
印花税是以经济活动中签订的各种合同、产权转移凭证、营业账簿、权利许可等应税凭证为对象的一种税收。根据《印花税暂行条例》规定，印花税税率根据印花税税目税率表确定，比例税率为0.05‰~ 1‰，每件5元收取固定税率。
根据《中华人民共和国财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)和《中华人民共和国国家税务总局关于保险公司征收印花税有关问题的通知》(国税帝子〔1988〕37号)，农民专业合作社享受的印花税优惠主要包括:
(一)与本合作社成员签订的农产品和农业生产资料购销合同免征印花税。(财税[2008]81号)
(2)农林作物和畜牧业的保险合同免征印花税。(国税帝子[1988]37号)
六、耕地占用税
耕地占用税是对占用耕地建房或从事其他非农业建设征收的一次性税收。根据《耕地占用税暂行条例》规定，耕地占用税以纳税人占用的面积为基数，按照规定的适用税额一次性征收。税额根据人均耕地面积和经济发展情况确定，从每平方米5元到50元不等。
根据《耕地占用税暂行条例》和《财政部国家税务总局关于耕地占用税平均税额和纳税义务发生时间的通知》(财税〔2007〕176号)，农民专业合作社可享受以下税收优惠:
(一)建设直接为农业生产服务的生产设施所占用的农用地(林地、草地、农田水利设施用地、水产养殖水面和渔业水域滩涂等)。)不征收耕地占用税。(《耕地占用税暂行条例》第十四条)
(二)占用林地、牧场、农田水利用地、养殖水面、渔业水域滩涂等农用地的适用税额，可以适当低于占用耕地的适用税额。(财税[2007]176号)
七、城镇土地使用税
城镇土地使用税是以征收范围内的土地为征税对象，对拥有土地使用权的单位和个人征收的一种税。根据《城镇土地使用税暂行条例》，城镇土地使用税每平方米0.9元至30元，具体税额由地方政府根据市政建设和经济繁荣程度确定。
根据《城镇土地使用税暂行条例》第六条，直接用于农、林、牧、渔业的土地免征城镇土地使用税，免税的水利设施用地和财政部另有规定的其他用地，免征城镇土地使用税。
八。财产税
房产税是以房屋为征税对象，向房产所有者征收的一种税。根据《房产税暂行条例》，房产税按照房产余值计算缴纳的，税率为1.2%；按照不动产租金收入计算缴纳的，税率为12%。
根据《中华人民共和国国家税务总局关于调整房产税和土地使用税具体征税范围的通知》(国税发〔1999〕44号)，农林牧渔业用地和农民住宅用地不征收房产税。
九、车船税
车船税是我国根据规定的计税依据和年度税额标准对车船征收的一种税。根据车船税法的规定，车船税按照车船税税目税率表执行。车辆的具体税额由省级人民政府按照法定范围和国务院的规定确定。船舶的具体税额由国务院在法定税额内确定。
根据车船税法第三条规定，渔业养殖船舶免征车船税；农村居民拥有并主要在农村地区使用的摩托车、三轮车和低速货车定期减征或免征车船税。
X.车辆购置税
车辆购置税是对在我国境内购买应税车辆的单位和个人征收的一种税。根据《车辆购置税暂行条例》，车辆购置税税率为10%。
根据《中华人民共和国财政部国家税务总局关于农用三轮车免征车辆购置税的通知》(财税〔2004〕66号)，农用三轮车免征车辆购置税。
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